Bien qu'ayant toujours continué à évoluer, certaines caractéristiques se retrouvent chez tous les reptiles. Les reptiles actuels sont poïkilothermes et ont conservé le même condyle occipital situé à l'arrière du crâne et assurant l'articulation avec la première vertèbre, alors que chez les amphibiens et les mammifères, il est double.

 

De nombreux reptiles muent et leur peau n’est pas « recyclée ». Cette caractéristique n'est presque plus visible pour de nombreuses espèces de tortues et de crocodiliens. Sauf exception (par exemple la tortueluth), ils conservent une peau recouverte d'écailles.

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Les comportements protecteurs parentaux sont particulièrement développés chez certains serpents (Pythonidae et Elapidae) ainsi que chez les crocodiliens et complètement absents chez d'autres espèces comme les tortues marines ou la plupart des lézards.